Frantzisko I. FrantziakoakPavia setiatu zuenean 1524n, San Juliango kapitain gazteak bizia galdu zuen eta erasotzaileen buru izan zen. Ahatsako jaunen oinetxea eta gaztelua hiribilduaren punturik gorenean altxatzen zen. Jaurretxe izena zuen eta higanoteek erre zuten 1569an.
Donaia etxea, Ahatsako zaharrenetakoa, Nafarroako Erresumakobasailuak diren garatarrena izan liteke. Etxe horretako atearen aurrean, elizaren ondoan, hilobi-harri bat aurkitu zuten, familiarena, eta, zalantzarik gabe, hilerritik erretiratua, zeinaren gainean aitzur bat irudikatuta baitago. Hilarri honek 1570eko idazkuna darama.
Ahatsa, Frantziako Iraultzaren hasieran, Baionako elizbarrutiko boterez hornituriko zenbait apaizen topaleku izan zen. Herriko parrokoa zen Etxeberri abadea, Konstituzioaren zina egiteari uko egin zionean erbesteratu egin behar izan zuena. Bere ondasunak bi lotetan bahitu eta saldu ziren. Iraultzaileek elizatik eraman zituzten apaindura eta edalontzi sakratu guztiak. Gainera, presbiterial hondoaren eta Haltsu, Falconnet eta Casalongetik emigratutako partikularren hogeita bederatzi lur saldu zituzten.
1842koekainaren 11an Ahatsa eta Altzieta-Bazkazane udalerriak batu egin ziren, gaur egungo udalerria sortuz.[10] Prozesu horretan, udalerri berriaren lurraldearen zati bat Ezterenzubi udalerri sortu berriari lagatzen zaio.