Izaera eklektiko argikoa, interprete, konposatzaile, moldatzaile eta ekoizle moduan eginiko lanetan bat egin dute musikarekin antzerkiak, zinemak, dantzak eta formatu multimedia berriek. Disko ugari kaleratu ditu, eta bere ibilbide artistikoan azpimarratzekoa da moldaera eta adierazpide herrikoi eta folklorikoen erabateko ezagutza, baita abangoardiako korronteen praktika eta zuzendu dituen nahiz parte izan den proiektu ezberdinei aplikatutako teknologia berrien erabilera ere. Berrogeita hamargarren urteurrena ospatzeko eskaini zuen "ceLebratio" emanaldian, Bernardo Atxaga idazleak, Goikoetxearen hiperaktibitatea eta ugaritasuna dela eta, haren izena "Joxan Goikoetxea eta erdi" izan beharko litzatekeela esan zuen.
Richard Galliano frantses akordeoi-jotzaile ospetsuaren eraginpean eta bere irakaspenei esker kaleratu zituen bere bi lehenengo lanak Angel Unzu gitarra jolearekin batera, Lehenengo geltokian (1988) eta Kollage (1991), jazzaren arloan. HAT (Hernaniko Akordeoi Taldea) sortu zuen 1987an, eta ganbera-musika landu zuen taldearekin, Libertango (1991) lana aurrerakoia kaleratuz Astor Piazzollaren omenez. 1988an Radio3-RNE irratiko Discópolis irratsaioak Lehenengo Geltokian diskoa Espainiako hilabeteko disko izendatu zuen. 1985. urtetik, "Hernani" Musika Eskola Publikoko irakaslea da, bertan akordeoia, joera ezberdinak eta informatika musikala irakasten dituelarik. Eskola hau aitzindari izan dugu estatu mailan musika eta pedagogiari aplikatutako informatikaren erabilpenari dagokionez.
Euskal musika herrikoiaren arloan bere ibilbidea bi egitasmo paraleloetan banatzen da: bata, lehenengoa, zuzeneko folk musika tradizionalaren esparruan Alboka taldearekin (Alan Griffin multiinstrumentista irlandarrarekin batera) grabaturiko sei diskoarekin: Alboka (1994), Bi beso lur (1998), Lorius (2000), Lau anaiak (2004) Lurra, ur, haize (2017) eta The Marker Stone (2024). Eta bigarrengoa berriz, Juan Mari Beltran musikari eta ikertzailearekin abiatutako bide berritzailea, birziklatze musikala eta esperimentalaren bidez. Bi diska nabarmen grabatu zituen Beltranekin: Egurraren orpotik dator...(1993) eta Beti ttun-ttun (1998), biak ere Suso Saiz gitarra-jole ospetsuaren ekoizpenarekin. Gitarrista espainiarra dugu Goikoetxearen ibilbidean beste erreferentzi puntu garrantzitsu bat, harekin grabatu zituen Quartet (1997 - zuzenean) eta Elektro psychodelic film remix in living stereo (2000).
Joxan Goikoetxeak musika, irudia, dantza, eskultura eta literatura uztartzen dituzten hainbat ikuskizun eta proiektu sortu eta estreinatu ditu. Eremu horretan Libertango (1991)ren ostean Ametsaren Bidea (1994), Metropolis (1995), Supernova (2000), El Sueño de Alejandro (2001), Agur, Everest (2010), Gau-Beranduan (2013), Ihes (2014), EzpaletenaK (2015), Maite K (2016), Adiorik Gabe - Sin Adiós (2016), Zerua beti beherago dago (2016), Hernani - Gure hitzak (2018), Iparragirre eta Lete: bi min kantuan (2020), Itsas Urradurak (2021), Ez dok, badok: Oteitzaren mailua (2023) edo Gabriel Aresti Mug(H)arri (2025) iritsi ziren eta bereziki Goazen Lagun (1996) Euskal Herrian ezaugarri hauekin egindako lehen proiektu multimedia. Kontzeptu eta euskarri berri honek 1995 urtean AZTARNA zigilua sortzera bultzatu zuen, hainbat euskal artisten lanak ekoiztu eta argitaratuaz orduz geroztik.
Zinemarako, telebistarako eta antzerkirako lanak ere konposatu, moldatu eta ekoiztu izan ditu, besteak beste Comète sareari buruzko 'Azken bidaia' dokumentaleko musika. Hain zuzen ere, sare horretako partaide izan zen Florentino Goikoetxearen senidea da, bere aitona eta Florentino anaiak baitziren.[2]
Hor zaude nonbait - (Antton Valverderekin zuzenean) (2020)
Iparragirre eta Lete: bi min kantuan - Euskamerata (2020)
Esaten dugun argia - (Karlos Linazasororekin zuzenean) - (2021)
Bilintxen menda - (Zuzenean Eñaut Agirre, Unai Agirre, Amets eta Maialen Arzallus eta Imanol Kamiorekin) – (2021)
Itsas Urradurak - Euskamerata (2021)
Horra, gerraren ondoria - Rifeko gerra, bertso, musika eta koplaz - (Zuzenean Eñaut Agirre, Unai Agirre, Asya Zaizaoui eta Antton Valverderekin) – (2023)
Ez dok, badok: Oteitzaren mailua - Euskamerata (2023[6]
Amama - Euskal Herrietako Ipuinak Dantzan - Aukeran Dantza Konpainia (2024)[7]
Gabriel Aresti Mug(H)arri - Bilbotar poetaren heriotzaren 20. urteurrenean - (2025)[8]
Antzerkirako sortutako musika:
Txaplin tropela - Hika Antzerki taldea (1990)
Aguro - Hika antzerki taldea (1991)
Adagio Violentissimo - Tanttaka (1993)
Robinson - Ados (1994)
Henry Bengoa Inventarium - Hika Antzerki taldea (1995)
Lamiak - Ados (1997)
Arraultza delikatuak - Hika (1998)
Manolito gafotas - Ados (1999)
EuskalOff 2050 - Hika Antzerki taldea (1999)
Gus eta Gas - Ados (2000)
El amigo de John Wayne - Ados (2002)
Ai Ama! - Hika Antzerki taldea (2002)
Los niños no pueden hacer nada por los muertos - Agerre Teatroa (2002)
Las mujeres de verdad tienen curvas – Ados Teatroa (2003)
Ixaequis - Hika Antzerki taldea (2003)
Einstein – Ados Teatroa (2005)
El vendedor de tiempo – Ados Teatroa (2006)
Si ves a Lola dile que es rica – Ados Teatroa (2008)