RBP 3

Wikipedia, Entziklopedia askea
RBP3
Proteinak kodetzen dituen genea
Identifikadoreak
 Homologene: 9261 Genenames: RBP3 Ensemble: ENSG00000265203
TaxoiaHomo sapiens
Asoziazio-genetikoaretinitis pigmentosa 66 (en) Itzuli
Kokapena
Kromosomahuman chromosome 10 (en) Itzuli
Kokapen zitogenetikoa10q11.22
Hasiera48381487 bp[1]
Amaiera48390991 bp[2]
kokapena
Transkripzioak
RNA IDNM_002900
Ensembl
Beste espezieetan
Sagu arruntRbp3 (en) Itzuli
Arratoi arruntRbp3 (en) Itzuli
Danio rerioirbpl (en) Itzuli
Gene-adierazpen eredua
Ontologia
Kodetzen duRetinol binding protein 3 (en) Itzuli
Funtzio-molekularrak
Osagai-zelularra
Prozesu-biologikoak

Erretinol-lotura 3 proteina interstiziala (RBP 3) edo interfotoerrezeptore erretinoide-lotura proteina (IRB), RBP 3 geneak gizakietan kodetzen duen proteina da.[3] Eutheria gehienetan RBP 3 ortologoak identifikatu dira, tenrecetan eta armadiloetan izan ezik.[4] Bere jatorrirako bakterio batetik geneen transferentzia horizontala proposatu da, begien eboluzioak kordatuetan duen bilakaera azaltzeko.[5]

Funtzioa[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Inter-fotoerrezeptoreen erretinoide-lotura proteina glukoproteina handi bat da, erretinaren fotorrezeptore-arteko matrizean aurkitzen da nagusiki, erretinako epitelio pigmentarioaren (RPE) eta zelula fotorrezeptoreen artean. Uste da erretinoideak garraiatzen dituela RPEren eta fotorrezeptoreen artean, funtzio kritikoa ikusmen prozesuan.[6][7]

Genea[aldatu | aldatu iturburu kodea]

Gizakiaren IRBP geneak 9,5 kbp inguruko luzera du, eta lau exoi ditu, hiru introiez bereizita. Introiek 1,6-1,9 kb/s-ko luzera dute. Fotorrezeptore eta erretinoblastomako zelulek transkribatzen dute genea, gutxi gorabehera 4,3 kilobaseko mRNA batean, eta 135.000 Da-ko proteina glukosilatu batean itzultzen eta prozesatzen da.

Aplikazioak[aldatu | aldatu iturburu kodea]

rbp 3 genea animalietan erabiltzen da DNA nuklearraren markatzaile filogenetiko gisa.[4] 1. exoia azterketa aitzindari batean erabili da lehenik, Chiropteraren monofiletismoaren ebidentzia emateko.[8] Ondoren, ugaztun plazentarioen ordenen filogenia[9][10], eta Rodentia[11], Macroscelidea[12] eta Primateak[13] klado nagusiak inferitzeko erabili da. RBP 3 maila taxonomiko apalagoetan ere erabil daiteke, adibidez, karraskari muroideetan[14] eta Madagaskarreko primateetan[15], filogeografia-mailan Geomys eta Apodemus karraskarietan[16][17], baita espezie haragijaleak identifikatzeko ere.[18]

Erreferentziak[aldatu | aldatu iturburu kodea]

  1. ↑ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000265203. Ensembl.
  2. ↑ GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000265203. Ensembl.
  3. ↑ Entrez Gene: RBP3 retinol binding protein 3, interstitial. .
  4. ↑ a b OrthoMaM phylogenetic marker: RBP3 gene, exon 1. .[Betiko hautsitako esteka]
  5. ↑ (Ingelesez) Kalluraya, Chinmay A.; Weitzel, Alexander J.; Tsu, Brian V.; Daugherty, Matthew D.. (2023-04-18). «Bacterial origin of a key innovation in the evolution of the vertebrate eye» Proceedings of the National Academy of Sciences 120 (16): e2214815120.  doi:10.1073/pnas.2214815120. ISSN 0027-8424..
  6. ↑ An ancient gene stolen from bacteria set the stage for human sight. 10 Apr 2023  doi:10.1126/science.adi2029..
  7. ↑ «Evolution and the origin of the visual retinoid cycle in vertebrates» Philosophical Transactions B 364 (1531): 2897-2910. Oct 2009  doi:10.1098/rstb.2009.0043. OCLC .2781855.
  8. ↑ «A molecular perspective on mammalian evolution from the gene encoding interphotoreceptor retinoid binding protein, with convincing evidence for bat monophyly» Molecular Phylogenetics and Evolution 1 (2): 148–60. Jun 1992  doi:10.1016/1055-7903(92)90026-D. PMID 1342928..
  9. ↑ «Parallel adaptive radiations in two major clades of placental mammals» Nature 409 (6820): 610–4. Feb 2001  doi:10.1038/35054544. PMID 11214318..
  10. ↑ «Mammalian evolution and the interphotoreceptor retinoid binding protein (IRBP) gene: convincing evidence for several superordinal clades» Journal of Molecular Evolution 43 (2): 83–92. Aug 1996  doi:10.1007/BF02337352. PMID 8660440..
  11. ↑ «Rodent phylogeny and a timescale for the evolution of Glires: evidence from an extensive taxon sampling using three nuclear genes» Molecular Biology and Evolution 19 (7): 1053–65. Jul 2002  doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a004164. PMID 12082125..
  12. ↑ «The Sahara as a vicariant agent, and the role of Miocene climatic events, in the diversification of the mammalian order Macroscelidea (elephant shrews)» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 100 (14): 8325–30. Jul 2003  doi:10.1073/pnas.0832467100. OCLC .166228 PMID 12821774..
  13. ↑ «Primate phylogeny, evolutionary rate variations, and divergence times: a contribution from the nuclear gene IRBP» American Journal of Physical Anthropology 124 (1): 01–16. May 2004  doi:10.1002/ajpa.10322. PMID 15085543..
  14. ↑ «Phylogeny of muroid rodents: relationships within and among major lineages as determined by IRBP gene sequences» Molecular Phylogenetics and Evolution 31 (1): 256–76. Apr 2004  doi:10.1016/j.ympev.2003.07.002. PMID 15019624..
  15. ↑ «Development and application of a phylogenomic toolkit: resolving the evolutionary history of Madagascar's lemurs» Genome Research 18 (3): 489–99. Mar 2008  doi:10.1101/gr.7265208. OCLC .2259113 PMID 18245770..
  16. ↑ «Hybrid zones, genetic isolation, and systematics of pocket gophers (genus Geomys) in Nebraska» J. Mammal. 89 (4): 826–836.  doi:10.1644/07-mamm-a-408.1..
  17. ↑ «A trend of central versus peripheral structuring in mitochondrial and nuclear gene sequences of the Japanese wood mouse, Apodemus speciosus» Zoological Science 25 (3): 273–85. Mar 2008  doi:10.2108/zsj.25.273. PMID 18393564..
  18. ↑ «Species identification using a small nuclear gene: application to sympatric wild carnivores from South-western Europe» Conserv. Genet. 11 (3): 1023–1032. June 2009  doi:10.1007/s10592-009-9947-4..

Kanpo estekak[aldatu | aldatu iturburu kodea]

"https://eu.wikipedia.org/w/index.php?title=RBP_3&oldid=9339030"(e)tik eskuratuta