Enperadore bilakatu zen, Huascar bere anaia gazteagoaren aurkako gerra zibilean garaile irten ondoren. Beren aita, Inca Huayna Capac gaixotasun batez hil ostean hasi zen gerra.
Gerra zibilean ari zirenean, Francisco Pizarro konkistatzaile espainiarra heldu zen eta Atahualpa atxilotu. Atahualpa menpeko zuela, Inka Inperioa kontrolatu ahal izan zuen. Huascarrek garaitu zuen ondokoan, Pizarro espainiar konkistatzaileak lagunduta. Pizarroren eta Atahualparen arteko elkarrizketa batean, kristau egin eta Espainiako erregea ezagutzeko aitzakian, atxilotu zuen espainiarrak. Bahisari handi bat (gela bete urre) ordaindu zuen arren, hiltzera kondenatu zuten Atahualpa enperadorea, azkenean bataioa onartu bazuen ere. Lepoa bihurrituta hil zuten espainiar konkistatzaileek, Inka Inperioa desagertuz eta de facto lurraldeak Espainiako Inperioaren jabetza bihurtuz.