Lankide:Aitortxugg/Proba orria

Birusak sailkatzeko hiru modu daude: Baltimore sailkapena, ICTV eta Holmes.

Baltimore sailkapena

David Baltimore Nobel saridunak Baltimoreko sailkapen-sistema asmatu zuen. Sailkapen honek mRNA produkzioaren mekanismoan oinarritzen da. ICTV (International Committee of Taxonomy of Viruses) sailkapena gaur egungo birusen sailkapen-sistemarekin batera erabiltzen da.

Birusek mRNAk genomatik sortu behar dituzte, proteinak sintetizatzeko eta erreplikatzeko. Hori lortzeko, mekanismo ezberdinak erabiltzen dira birus familia bakoitzean. Genoma biralak honelakoak izan daitezke:

• Kate bakunekoak (ss) edo kate bikoitzekoak (s).

• RNA edo DNAdunak.
• Alderantzizko transkriptasa entzima erabiltzen dutenak edo hura erabiltzen ez dutenak.

Gainera, ssRNA birusak sense (+) edo antisense (-) izan daitezke. Sailkapen horrek zazpi taldetan kokatzen ditu birusak  :

• I: Kate bikoitzeko DNA birusa.
• II: Kate bakuneko DNA birusa.
• III: Kate bikoitzeko RNA birusa.
• IV: Kate bakun (+) RNA birusa.
• V: Kate bakun (-) RNA birusa.
• VI: Kate bakuneko alderantzizko transkripziodun RNA birusa.
• VII: Kate bikoitzeko alderantzizko transkripziodun DNA birusa.

Material genetikoa eta birusak erreplikatzeko metodoa desberdinak dira:

DNA birusa

DNA birus gehienen genomaren erreplikazioa zelularen nukleoan gertatzen da. Zelula ostalariak gainazalerako hartzailea egokia badu, birusak zelula-mintzarekin fusionatuz edo endozitosiz sartzen dira. DNA birus gehienak zelula ostalariaren DNA eta RNAren sintesi-makineriaren eta RNA prozesatzeko makineriaren mende daude. Bi talde bereizten dira:

Kate bikoitzeko DNA birusa

Birus mota horrek kate bikoitzeko DNAz osatutako material genetikoa du, eta zelula ostalariaren polimerasak behar dira genoma birala erreplikatzeko . Birusaren infekzioa eta ekoizpena egin ahal izateko, zelula erreplikazio-fasean egon behar da, orduan baitaude zelularen polimerasak aktibo. Adibideak:

• Adenoviridae
• Papovaviridae
• Herpesviridae
• Poxviridae
• Pleolipoviridae

Kate bakuneko DNA birusa

Birus mota horrek kate bakuneko DNA material genetikoa du, eta DNAren mendeko DNA polimerasa bat erabiliz erreplikatzen da, kate bikoitzeko DNA birusa bezala . Kate bakuneko DNA kate bikoitzeko DNA bihurtu behar da erreplikazioa egon dadin . Adibideak:

• Parvoviridae
• Anelloviridae
• Pleolipoviridae

RNA birusa

RNA birusak apartekoak dira beren informazio genetikoa RNAn kodetuta dagoelako; horrek esan nahi du azido erribonukleikoa (RNA) material genetiko gisa erabiltzen dutela, edo erreplikazio-prozesuan RNA behar duela. Erreplikazioa zitoplasman gertatu ohi da. Oro har, RNA birusak lau taldetan sailka daitezke, erreplikazio-moduaren arabera. RNAren polaritateak zehazten du, neurri handi batean, erreplikazio-mekanismoa zein den, eta ea material genetikoa kate bakunekoa edo bikoitzekoa den. Gainera, RNA birusek beren RNA polimerasa erabiltzen dute beren genomaren kopiak sortzeko.

Kate bikoitzeko RNA birusa

Kate bikoitzeko RNA birusak bitarteko DNA erabiliz erreplikatzen ez diren birusak dira. RNA birus gehienak bezala, zitoplasman erreplikatzen dira, eta ez daude zelula ostalarien polimerasen mende, DNA birusek egiten duten bezala, entzima horiek birioan sartzen baitira.

Itzulpena monozistronikoa izaten da, eta horrek esan nahi du segmentu bakoitzak proteina bakarra kodetzen duela, itzulpen konplexuagoa erakusten duten beste birus batzuek ez bezala. Ezaugarri berezi bat RNAko segmentu bikatenarioen transkripzioa baldintza egokietan egiteko gaitasuna da, kapsideren barruan. Adibideak:

Bakterioak infektatzen dituzten birusak:

• Chrysoviridae
• Quadriviridae
• Hypoviridae
• Megabirnaviridae
• Curvulaviridae

Animaliak infektatzen dituzten birusak:

• Cystoviridae
• Picobirnaviridae

Kate bakun (+) RNA birusa

Kate bakun positiboko RNA birusek zentzu positiboko azido erribonukleikoko (RNA) kate sinplea dute material genetiko gisa, eta ez dira erreplikatzen tarteko DNA erabiliz. RNA birus positiboak RNA mezulariaren berdinak dira eta, beraz, zelula ostalariak berehala itzul ditzake. Birus positibo baten RNA araztuak zuzenean infekzioa eragin dezakeen arren, ez da birus osoa bezain infekziosoa. Erreplikazioa zitoplasman gertatzen da batez ere, eta ez dago zelula-zikloaren mende, DNA birusetan bezala. Zentzu positiboko RNA birusek RNA mezulariaren polaritate bera duten genomak dituzte, eta zuzenean erabil daitezke proteinen sintesirako, zelula ostalariaren itzulpen-makineria erabiliz. Kodetutako proteina horietako bat RNA erreplikasa da. Hura RNA polimerasa bat da eta RNA birala kopiatzen du bitarteko DNA kate batetik igaro beharrik gabe (11). Talde honetako birusek edozein organismo infekta dezakete (animaliak, landareak, onddoak, protistak, bakterioak eta arkeoak). Hala ere, animalia eta landareetan nagusitzen dira. Adibideak:

• Picornaviridae
• Caliciviridae
• Togaviridae
• Flaviviridae
• Coronaviridae
• Astroviridae
• Arteriviridae
• Hepeviridae

Kate bakun (-) RNA birusa

Birus honek azido erribonukleikoa du (RNA), kate bakun (-) da, eta ez da erreplikatzen bitarteko DNA erabiliz (145). RNA biral negatiboa RNA mezulariaren osagarria da. Hori dela eta, RNA positibo bihurtu behar da itzulpenaren aurretik. Prozesu hori RNA polimerasa batek egingo du. Bestalde, birus negatibo baten RNA purifikatua ez da berez infekziosoa, RNA positibo bihurtu behar baita. RNA (-) birusek RNA polimerasa edo RNA transkriptasa erabiltzen dute RNA (+) bihurtzeko. Horretarako, birusak RNA polimerasa entzima erabili behar du, RNAren mendekoa baita entzima hura. Ondorioz, RNA (+) molekulak mezulari biral gisa jokatzen du. Ondoren, ostalariak RNA hura proteina bihurtzen ditu (erribosometan gertatzen da prozesu hura). Azkenik, sorturiko proteinei esker, birioi berrien elementuak ekoizten dira, hala nola, kapsideko eta RNA erreplikasako proteinak. Azken hori RNA (-) molekula berrien ekoizpenaz arduratzen da. Adibideak:

• Arenaviridae
• Orthomyxoviridae
• Paramyxoviridae
• Bunyaviridae
• Rhabdoviridae
• Filoviridae
• Bornaviridae

Alderantzizko transkripziodun birusak

Alderantzizko transkripziodun birusek bi genoma mota izan ditzakete:

Kate bakuneko alderantzizko transkripziodun RNA birusa:

Kate bakuneko alderantzizko transkripziodun RNA birusa (edo ssRNA-RT birusa) kate bakuneko RNA duen birus bat da, eta zelula ostalarian erreplikatzen da alderantzizko transkripzioaren bidez, hau da, RNA-tik abiatuz DNA sortzen du (11). Birus horiek alderantzizko transkriptasa erabiltzen dute, hau da, RNAren mendeko DNA polimerasa bat. Era horretan, RNA genoma biraletik abiatuta DNA sortzen da. DNA hori askotan ostalariaren genoman txertatzen da. Kasu horietan, ostalariak DNA erreplikatu eta transkribatzen du, erretrobirusen eta pseudobirusak kasu. Adibideak:

• Pseudoviridae
• Metaviridae
• Belpaoviridae

Kate bikoitzeko alderantzizko transkripziodun DNA birusa:

Birusak alderantzizko transkripzioaren bidez erreplikatzen dira, aurreko kasuan aipatu den bezala. Batetik, RNA genomadun birusek DNA bitarteko bat erabiltzen dute genoma erreplikatzeko, eta, bestetik, DNA genomadun birusek, RNA bitarteko bat erabiltzen dute genoma erreplikatzeko. Adibideak:

• Hepadnaviridae
• Caulimoviridae

Birusen Taxonomiaren Nazioarteko Batzordea (ICTV) sailkapena

Eskema eta jarraibideak

Birusen Taxonomiaren Nazioarteko Batzordea (ICTV, ingelesezko sigletan) 1970eko hamarkadaren hasieran hasi zen birusak izendatzeko eta sailkatzeko arauak diseinatzen eta ezartzen. ICTV da Elkarte Mikrobiologikoen Nazioarteko Batasunak birus unibertsalaren taxonomia garatu, findu eta mantentzeko ardura duen erakunde bakarra. Sistemak ezaugarri asko partekatzen ditu organismo zelularrak sailkatzeko erabiltzen den sistemarekin, hala nola, taxoiaren egitura. Hala ere, badira desberdintasun batzuk, adibidez, izen taxonomiko guztietarako letra etzanaren erabilera unibertsala; aldiz, alga, onddo eta landareentzako, Nomenklaturaren Nazioarteko Kode, Bakterioen Nomenklaturaren Nazioarteko Kode eta Nomenklatura Zoologikoaren Nazioarteko Kodeetan ez da erabiltzen.

Sailkapen birala domeinu-mailan hasten da, eta honela idazten da, atzizki taxonomikoekin parentesi artean jarrita.

Taxonomiaren egitura orokorra hurrengoa da:

Domeinua (-viria)

Erreinua (-virae)

Filuma (-viricota)

Subfiluma (-viricotina)

Klasea (-viricetes)

Ordena (-virales)

Subordena (-virineae)

Familia (-viridae)

Subfamilia (-virinae)

Generoa (-virus)

Espeziea (-virus)

Izaki bizidunen espezieetan hartutako nomenklatura binomialaren sisteman ez bezala, gaur egun ez dago forma estandarizaturik birus-espezieen izenetarako. Gaur egun, ICTVk espezie baten izenak ahalik eta hitz gutxien izan behar dituela eskatzen du, desberdina izateari utzi gabe, eta ez du soilik birus hitza eta ostalariaren izena eduki behar. Espezieen izenek gaixotasun-birus itxura hartzen dute askotan, batez ere goiko landare eta animalien birusen kasuan. 2019an ICTVk proposamen bat argitaratu zuen birus-espezieen izenetarako nomenklatura binomialeko sistema formalizatuagoa ezartzeko, eta 2020an bozkatu zen.

Espezie biralen definizioa

Espezieak sailkapen biologikoko edozein sistemaren oinarri dira. 1982 baino lehen, uste zen birusak ezin zirela egokitu Ernst Mayr espeziearen ugalketa-kontzeptura, eta, beraz, ezin zirela horrela sailkatu. 1982an ICTV espezie bat "andui talde" gisa definitzen hasi zen, eta handik aurrera andui horiek identifikatzeko ezaugarri jakin batzuk kontuan hartu behar ziren. 1991n oinarri espezifiko bat onartu zen: birus-espezie bat birus klase politetiko bat da, erreplikazio-leinu bat osatzen duena eta nitxo ekologiko jakin bat betetzen duena.

2013ko uztailean, ICTV espeziearen definizioa aldatu egin zen honako hau adierazteko: "Espezie bat birusen talde monofiletiko bat da, eta birusen propietateak beste espezie batzuengandik bereiz daitezke, hainbat irizpideren arabera". Birusak entitate fisiko errealak dira, eta eboluzio biologikoak zein genetikak sortu dituzte. Birus-espezieak eta goi-mailako taxoiak, berriz, pentsamendu arrazionalak eta logikak sortutako kontzeptu abstraktuak dira.

Erabilitako irizpide errealak aldatu egiten dira taxoiaren arabera, eta koherentziarik gabekoak izan daitezke edo leinuarekin (geografia) loturarik ez dutenak batzuetan. Oraindik konpondu gabe dagoen arazoa da.

Bestelako sailkapen historikoak: Holmes sailkapena

Holmesek (1948) nomenklatura binomiala zeukan taxonomia lineal bat erabili zuen birusak ordena bakar baten barnean (Virales ordenean) eta 3 taldetan sailkatzeko. Honela zeuden sailkatuta:

• I. taldea: Phaginae (bakterio-erasotzaileak)
• II. taldea: Phytophaginae (landare-erasotzaileak)
• III. Taldea: Zoophaginae (animalia-erasotzaileak)

Beste ikertzaileek ez zuten sistema onartu, antzekotasun morfologikoak alde batera uzten zituelako.