1900ekootsailaren 27an sortu zuten, eta garai hartan "Alemaniako Hegoaldeko Txapelketa" izeneko norgehiagokan parte hartzen zuen. Txapelketa hori 1926 eta 1928an irabazi zuen. Alemaniako lehen titulua 1932an jaso zuen, Liga irabazi baitzuen finalean Eintracht Frankfurt 2-0 emaitzaz gaindituta. 1933an naziek boterea eskuratutakoan, taldearen lehendakaria eta entrenatzailea juduak izanik, Bayern "juduen taldea" kontsideratu zen. Lehendakariak eta entrenatzaileak alde egin zuten eta taldea semi-profesional bihurtu.
Bigarren Mundu Gerraren ondoren egonkortasuna lortzea asko kostatu zitzaion eta 1945 eta 1963 artean 13 entrenatzaile izan zituen. Hala ere, urtetik urtera maila hobetuz joan zen eta 1957an Alemaniako lehendabiziko Kopa irabazi zuten. Klubaren urrezko urteak 1965 eta 1979 artean izan ziren, eta tarte horretan Europako lehen tituluak ere eskuratu zituen. 1967an, Errekopa irabazi zuen Glasgow Rangersen aurka. Hurrengo urteetan, Europako Kopa jokatu zuen eta hiru ekitaldi irabazi zituen jarraian, 1974koa, Atlético de Madriden aurka; 1975ekoa, Leeds Uniteden aurka; eta 1976koa, AS Saint-Étienneren aurka. Hiru aldiz jarraian irabazi izanagatik, Europako Koparen garaikurraren jabe bihurtu zen. Kontinente arteko Futbol Kopa jokatzeko aukerari uko egin zion lehen bi urteetan baina 1976an jokatu eta Cruzeiro EC garaitu zuen, etxean 2-0 irabazita eta Brasilen 0-0 berdinduta.
XX mendeko azken bi hamarkadetan, Alemaniako txapelketetan erraz nagusitu zen. 1982 eta 1987an Europako Kopako finalista izan zen, irabazi ez bazuen ere. 1996an UEFA Kopa eskuratu zuen Girondins de Bordeauxi etxean 2-0 irabazi eta Bordelen 3-1 galdu ondoren, kanpoko golaren balioagatik. 1999an inoiz ahaztuko ez den Txapeldunen Ligako finala jokatu zuen Bartzelonan Manchester Uniteden aurka. 90 minutuak jokatuta zeudela, Bayern 0-1 irabazten ari zen baina deskontu denboran ingelesek bi gol sartu eta modurik garratzenean galdu zuen Kopa.
Gorakada hasia zen ordea eta 2001ean UEFAko Txapeldunen Liga eta Kontinente arteko Kopa irabazi zituen. Mende berrian Alemaniako Bundesliga eta Kopa sarritan irabazteaz gain, Europako puntako taldeetako bat bihurtu da. Jupp Heynckesen eskutik azken lau urteetan hiru aldiz izan da UEFAko Txapeldunen Ligako finalista, irabazi ez duen arren, Borussia Dortmunden aurka hain zuzen ere. Aurrez 2012an porrot latza jasan zuen Chelseak azken minutuan berdindu eta penalti jaurtiketetan irabazi zionean. 2012-2013 denboraldia bereziki bikaina izan zen, Txapeldunen ligaz gain, Alemaniako Liga eta Kopa irabazi baizituen, Europako futbolaren historian talde bakan batzuek egindako balentria.
2013-2014 denboraldirako Josep Guardiola fitxatu zuen. Iritsi eta berehala lehenengo finala Alemaniako Superkopa izan zuen eta Borussia Dortmundek 4-2ko emaitzaz eskuratu zuen. Bigarren finalean ordea, klubaren lehenengo Europako Superkopa irabazi zuen Chelsea mendekatuz, gainera, izan ere luzapeneko azken minutuan Javi Martínezek sarturiko gol batez berdindu baitzuen partida eta ondoren penalti jaurtiketetan irabazi. 2013 urtea amaitzeko, FIFAren Kluben arteko Munduko Kopa irabazi zuen. Txapeldunen Liga irabazteko hautagai garbia izan arren, Real Madrilek kanporatu zuen finalerdietan Munichen bertan 0-4 emaitza lortuz. Hurrengo denboraldietan ere berdin gertatu zitzaion, Alemanian erraz irabazi eta Txapeldunen Ligako final erdietan kanporatua izan zen, 2015ean Bartzelonak eta 2016an Atletico Madrilek kanporatu zuten. 2017 eta 2018an Real Madrilek garaitu zuen.
2020an Txapeldunen Liga seigarren aldiz irabaztea lortu zuen. COVID-19 pandemiak baldintzaturiko txapelketan nagusitasun handia erakutsi zuen, jokatu ziren hamaika partidak irabazi baitzituen, tartean Bartzelonari 8-2. Finalean, Paris Saint-Germain izan zuen aurkari eta 1-0 gainditu zuen talde frantsesa. Ondoren Superkopa irabazi zuen. 2020an bigarren FIFAren Kluben arteko Munduko Kopa (Kontinente arteko laugarrena) irabazi zien finalean Tigres UANL mexikarra 1-0 garaituta.
Bayern izenak Bavaria esan nahi du eta taldearen hasierako estatutuetan eskualdeko koloreak hartu zituen, erronbo zuri urdinak. Horregatik elastiko zuria eta galtza urdinak erabiltzea erabaki zen baina galtza urdinak aurkitzea zaila zenez, beltzak erabili zituen, "urdin ilunak" zirela esaten zuten arren. 1906an Münchner Sportclub taldearekin elkartu zen eta horren koloreak gorriak zirenez, adostasun batera iritsi behar izan zuten, izena eta elastiko zuria Bayernena mantenduz, baina galtza gorriak ezarriz. Hurrengo urteetan, Die Rothosen (galtza gorriak) ezizena hartu zuen taldeak eta oharkabean kolore gorria nagusituz joan zen. 1974an erabili zuen aurreneko aldiz ekipamendu erabat gorria eta ordutik horrela mantendu du. Hala ere, tarteka kolore urdin eta zuriarekin jokatu izan du, elsatiko marradunez edo galtzen kolorea aldatuz.
.svg){kind=logo}
75.024
Silbernes Lorbeerblatt 
.jpg)
Cruzeiro EC
Boca Juniors
Raja Casablanca
Tigres UANL
Atletico Madril
Leeds United
AS Saint-Étienne
FC Porto
FC Internazionale
Borussia Dortmund
Dinamo Kiev
RSC Anderlecht
Glasgow Rangers
Datuak: Q15789
Multimedia: FC Bayern München / Q15789
