1963. urtean Eslovakiako Alderdi Komunistako idazkari nagusi izendatu zuten eta 1968ko urtarrilaren 5ean Txekoslovakia osoko Alderdi Komunistako lehen idazkaria. Sozialismoa askatasunean aldarrikatuz, berrikuntza sakonak abiarazi zituen eta alderdi barneko egiturak berritu zituen. Apirilean Txekoslovakiako Alderdi Komunistak Ekintza Egitasmoa delakoa abiatu zuen:
Jabetza kolektibo horretan oinarriturik, sistema pluralista bat sortu, non alderdi politikoak herritarren era ezberdinetako interesen ordezkariak izango diren. Alderdi Komunistak jarraituko du zuzendaritzan, baina lehiakortasun demokratiko baten barruan.
Pragako Udaberrian herriaren babesa izan zuen arren, amore eman behar izan zuen urte bereko abuztuan, Txekoslovakian sartu ziren tanke sobietarren aurrean. Gustav Husak izan zuen ondorengo 1969ko apirilean eta autokritika egiteari uko egin ondoren (1969ko ekaina), kargu politiko guztiak kendu zizkioten eta alderdi komunistatik egotzi zuten. 1989ko azaroan, erregimen komunistaren aurkako manifestazioetan agertu zen berriro jendaurrera. Urte bereko abenduan parlamentuko presidente hautatu zuten.